Süperbilgisayar anı düğmelerini bulmak için biyokimyasal harita çıkarıyor!

Saatinizin alarmını kapamaktan, kahve makinanınızı çalıştırmaya, arabanızı çalıştırmaktan, gece ışığı söndürmeye kadar “düğmeler” hayatımızın bir parçası… Araştırmacılar, yaşayan bir hücre içerisinde gün boyunca kullandığımızdan daha fazla olası düğme kalıplarını katalogladılar.

Amerika,Virginia Tech. Bilgisayar Bilimi Doç Dr.Naren Ramakrishnan ve National Centre for Biological Sciences’da (NCBS) çalışan Upinder S. Bhalla ile birlikte hücrelerin biyolojik fonksiyonlarını desteklemek için binlerce düğme ürettiklerini buldular!…

Bhalla: “Hücreler, ne çeşit bir hücre olacaklarını belirlemede, mesela deri hücresi, ya da mi yoksa kan hücresi gibi, strese karşı cevap veririken, ve diğer hücrelerle iletişim içindeyken düğmeleri kullanırlar. Düğmenin durumu yani açık ya da kapalı olması, tıpkı bir bilgisayarın hafızasında 0 ya da 1 bit depolaması gibidir. Gerçek biyolojik düğmeler oldukça karmaşık ve pek çok çeşitli şekilde düzenlenmiş olmasına rağmen, biz bu çalışmamız ile bu düğmelerin nasıl çalışabileceğini olası en basit yollarla gösterdik.”

Bhalla, biyokimyasal modelleme ağı ve simulasyonu gibi geniş ilgi alanına sahip bir bilgisayar nörobilimcisi ve bu çalışmayı yapanlardan diğer isim olan bilgisayar bilimcisi Ramakrishnan, rakamsal simulasyon ve data çalışmaları hakkında uzmanı. Bu iki bilim insanı, hücrelerin düğmeleri pek çok yolla nasıl kullanıp, uyguladıklarını bulmak için, Virginia Tech Sistem X adlı süperbilgisayarını kullanmaya karar veririler.

Ramakrishnan çalışmaları ile ilgili şunları açıklamakta: “Bizim bu çalışmada Sistem X’i kullanmamız tıpkı bir tamircinin ya da bir çocuğun yararlı bir şey yapabiliyor mu diye bazı şeyleri bir araya getirmesi gibi bir şey… Biz, her biri bir kimyasal reaksiyon olan pek çok “yedek parça!” aldık ve her birini birbirine bulduğumuz her yolla bağladık ve bu şaşırtcı sayıda yapay olarak oluşturulan ağın aslında düğmeler olduğunu keşfettik!.”

Araştırmacılar, düğme davranışı gösteren 4.500 reaksiyon ağ topolojisi ya da yaklaşık %10 oranında denemiş yapılanış-konfigürasyon bulduklarını açıklarlar. Bu araştırmaları, ayrıca, kapsamlı bir biyokimyasal düğme “haritası”nı çıkarmaya rehberlik etmektedir. Harita, daha sonra pek çok düğmenin bir “aile-grup” oluşturduğunu yani düğmelerin birbirleri ile bağlantılı olduğunu göstermektedir.

Ramakrishnan, evrimin nasıl bir düğme ile değişebiliceğini anlatması açısında bu çalışma çok önemli çıkarımlara sahip olduğunu belirtmekte ve Bhalla da açıklamalarına şunu eklemekte: “Tabii ki düğmeden çok hücre mevcut. Ancak, düğme ve hafıza en temel davranışlar… Bizim yaptığımız bu düğme kataloglaması ile şimdi daha ilginç davranışları mesela karmaşık bilgi işleyişini inceleyebiliriz!.”

http://www.sciencedaily.com/releases/2008/06/080619203302.htm

İngilizce’den Çeviren: AylinER

Herşey açma ve kapamadan ibaret! Bir düğme misali!. Bilgisayar dünyasındaki 0 ve 1… Bir hücre varolup olmayacağını açma kapama düğmesi ile belirliyor!… ve canlının evrimsel gelişimi bir düğmenin açık ya da kapalı olması ile bağlantılı olabiliyor! Aç-Kapa!.. Var-Yok!..

Check Also

uzaylı1

Ya Uzaylıların Yaşamını Keşfedemezsek

Giderek artan bir gelişmişlikle, onyıllardır yanlız olup olmadığımızın işaretlerini bulmak için evreni araştırıyoruz. Uzay araçları, ...